Corría el año 1512 cuando Fadrique Álvarez de Toledo, más conocido como el Duque de Alba, junto con su ejército castellano conquistó Pamplona, la ciudad se somete a la obediencia del rey Fernando el Católico, prometiendo a los pamploneses respetar sus fueros, privilegios y costumbres.
Aquel mismo año, un ejército franco-navarro asedia Pamplona e intenta reconquistarla sin éxito, en ese momento toman conciencia de la necesidad de mejorar las defensas de la ciudad, la solución fue la construcción de la fortaleza de Santiago.
Desde aquel momento, se sucedieron una serie de conflictos que provocaron la continua reparación y mejora tanto de la muralla como de la propia ciudadela. El recinto amurallado debía ser una fortificación segura, capaz de contener al enemigo y mantener a salvo la ciudadanía. Cada mandato adaptó la construcción a sus necesidades hasta conseguir un equilibrio entre la importancia estratégica y la configuración de una ciudad en crecimiento más allá del amurallado.
A partir del siglo XIX comenzaron los ensanches que darían cabida a las viviendas burguesas y el derribo del frente sur desde la Ciudadela hasta el Baluarte de Labrit.
Actualmente el recorrido de 5 kilómetros de las murallas y la Ciudadela tienen la categoría de Monumento Nacional y representa uno de los complejos militares renacentistas mejor conservados de Europa. Además, dentro del Casco Antiguo se conserva el trazado medieval formado por tres burgos (Navarrería, San Cernin y la Población de San Nicolás).
